Второй удар, альбом 'Purification Through Violence', вышел гораздо более увесистым. На нем уже отчетливо проглядывает собственный стиль группы - двойная вокальная атака, сложные, но запоминающиеся песенные структуры и солидная техника игры. Диск был выпущен Pulberized Records на территории США, и Diehard в Европе. Вскоре прошел североамериканский тур вместе с Monstrosity и Kataklysm, входе которого за Dying Fetus прочно закрепилась репутация потрясающего концертного состава. К этому времени состав Dying Fetus сменился уже несколько раз, и из ветеранов остались только гитарист-вокалист John Gallagher и басист-вокалист Jason Netherton. К ним примкнули гитарист Sparky Voyles (ex- M.O.D., Fear Of God, Sadistic Torment) и молодой, но очень талантливый барабанщик Kevin Talley.

Третий диск, записанный в таком составе, произвел фурор, мгновенно придав группе статус культа. Реализованный одновременно Morbid Records и собственным лейблом музыкантов, Blunt Force, он до сих пор остается одним из эталонов стиля, совмещая в себе тяжесть brutal death, неистовствость grind и hardcore и высочайшую технику исполнения. Следующий тур стал самым большим на тот момент в истории группы - 9 недель, 52 даты, 12 стран (начиная США и Испанией и заканчивая Польшей и Бельгией). Не были обойдены вниманием и фестивали (в частности Morbid Metalfest), выступая на которых ребята с блеском представили материал с нового альбома. Наряду с этим ни на минуту не прекращалась раскрутка имени Dying Fetus посредством интервью для радио и журналов, помещения треков на компиляции и продвижения в сети Интернет.

В 1999 году первый компакт команды, снабженный изрядным количеством бонусов, переиздается на Blunt Force. Вскоре там же выходит мини-альбом 'Grotesque Impalement', содержащий кавера и старые нереализованные записи. Тем временем музыканты выступают на таких фестивалях, как New England Hardcore And Metalfest, March Metal Meltdown II, играют в Европе (в Германии, Бельгии и Чехии) и хэдлайнерствуют на германском Fuck The Commerce Fest, а также поддерживают туры Destruction и Vader. Одновременно с этим подписывается контракт с ведущим экстремальным лейблом, Relapse Records, и начинается работа над новым диском. До сих пор считающийся многими лучшим альбомом группы, 'Destroy The Opposition', вышел в сентябре того же года. На этот раз Dying Fetus смогли довести свой стиль до абсолютного совершенства.

Также стоит отметить сильную текстовую составляющую, основанную на четкой позиции группы по отношению к мейнстримовой музыке, системе западных ценностей и проклятому капитализму. После выхода работы квартет незамедлительно выезжает в тур вместе с Morbid Angel, Enslaved, The Crown, Behemoth и Hypnos. В 2001 году проходит тур в компании All Out War, Skinless, Gorguts, The Berzerker и Die Cast, после чего в стане Dying Fetus происходит раскол. Скандал разразился между гитаристом-вокалистом Джоном и остальными участниками группы. Джэйсон, Кевин и Спарки обвинили Джона в том, что он, на пару со своей девушкой, которая вела финансовые дела группы, утаил от них кругленькую сумму, вырученную с продажи мерчендайзинга в турах и через их собственный лейбл. Джон все отрицал, троица настаивала на своем, и вот печальный итог - на гребне славы Dying Fetus лишился практически всех членов! Впрочем, в итоге все закончилось благополучно - ушедшие образовали довольно успешную команду Misery Index, а Джон быстро набрал новый состав, преимущественно состоявший из бывших членов Dying Fetus, игравших в группе до 1996 года.

Быстро собравшись с силами, группа начинает давать концерты, а также выпускает виниловый сплит-релиз с финнами Deepred. В следующем году они продолжают гастролировать, едут в Японию вместе с Sodom, катаются по Европе в качестве хэдлайнеров вместе с Monstrosity и Howitser, а также с успехом выступают на знаменитом Wacken Open Air. В результате всего этого в очередной раз меняется гитарист, а какое-то время Dying Fetus приходится обходиться одной гитарой. Наконец-то устаканился новый состав Dying Fetus - John Gallagher (вокал/гитара), Erik Sayenga (барабаны, ex-Witch-Hunt, Dying Fetus '96/'97), Sean Beasely (бас, ex-Garden Of Shadows), Bruce Greig (гитара, ex-Next Step Up), и конечно же, вокалист Vince Matthews (ex-Sadistic Torment, Mucous Membrane). В 2003 году на прилавки приземляется новый диск Dying Fetus, враз доказавший всем, что с уходом Джэйсона и Кевина группа не кончилась. Вещи с альбома 'Stop At Nothing' музыкально стоят гораздо ближе к ранним работам коллектива. Тем не менее, записанные с применением современных технологий они звучат очень свежо. Весной, в очередной раз обласканная критиками группа отправляется в семинедельный тур вместе с Hate Eternal, Kataklysm, Into Eternity и Goatwhore. Вскоре, по причине дорожного происшествия, Hate Eternal были вынуждены вернуться домой, и Dying Fetus с полным правом возглавили тур. Летом последовал еще один тур - на этот раз в поездке по США и Канаде группу сопровождали Divine Empire, Skinless и... Misery Index! Во время остановки в Атланте был снят клип на одну из новых композиций, "One Shot, One Kill".

Следующий год стал годом концертов: зимний круиз по 16 странам в компании Deeds Of Flesh и Prejudice, огромное количество выступлений с Suffocation, Burnt By The Sun, The End и Malamor в США и Канаде, несколько шоу с Malevolent Creation в Европе, включая французский Fury Fest и бельгийский Graspop, два шоу в Мексике с Morbid Angel, воссоединившимися в оригинальном составе. В октябре дороги группы и вокалиста Дэйва расходятся, но на готовящийся северо-американский тур с GWAR это никак не повлияло - вокальные партии поделили между собой Джон и бас-гитарист Шон. В начале 2005 года пришло известие о том, что Dying Fetus покинул барабанщик Erik Sayenga, однако те, кто знает Джона Галлахера ни на секунду не усомнились в том, что группа еще вернется - с удвоенной силой!